Ajaloolised kogud
Ajaloolised kogud sisaldavad C. R. Jakobsoni ja tema perekonna pärandvara. Lisaks pärandvarale on kogus arvel ka mitmesuguseid ajaloolisi maaharimis-, külvi- ja viljakoristusseadmeid, linatöötlemisseadmeid, mesindustarbeid ja hobupõllutööriistu. 2019 aasta seisuga on kogus 1653 museaali.
Arhiivmaterjalide kogu
Arhiivmaterjalide kogudes on C. R. Jakobsoni Talumuuseumi tegevusega seotud dokumente, kavandeid, jooniseid, käsikirju, tõutunnistusi, voldikuid ja trükiseid ning C. R. Jakobsoniga seotud tunnistusi, mälestuslehti jms. 2019 aasta seisuga on kogus 4552 museaali.
Fotokogu
Fotokogus on ülesvõtteid C. R. Jakobsonist, tema perest, kaasaegsetest ja talumuuseumiga seotud inimestest ja ettevõtmistest. 2019 aasta seisuga on kogus 2915 museaali.
Kunstikogu
Kunstikogu sisaldab õlimaale, söejoonistusi, kivitrükke, digitrükke, graafilisi lehti, eksliibriseid, akvarelle, kuivnõela tehnikaga pilte, trükipilte ja klišeepilte. 2019 aasta seisuga on kogus 185 museaali.
Arhiivraamatukogu
Säilitatakse C. R. Jakobsoni kirjutatud teoseid, vanu kooliraamatuid, vähest vanemat ilukirjandust. 2019 aasta seisuga on kogus 753 museaali.
C. R. Jakobsoni raamatukogu
säilitatakse C. R. Jakobsonile isiklikult kuulunud raamatuid. 2019 aasta seisuga on kogus 954 museaali.
C. R. Jakobsoni perekonna raamatukogu
Säilitatakse C. R. Jakobsoni perekonnale kuulunud raamatuid. 2019 aasta seisuga on kogus 346 museaali.
Friedbergide raamatukogu
C. R. Jakobsoni abikaasa Julie Jakobsoni ema perekonnale kuulunud raamatukogu. 2019 aasta seisuga on kogus 34 museaali.